Monika Nowakowska specjalizuje się w zarządzaniu firmami z branży FMCG (Fast Market Customer Goods), które należą do sektora małych i średnich przedsiębiorstw. Podczas studiów rozpoczęła pracę w firmie zajmującej się dystrybucją prasy (Kolporter S.A). Posiada wieloletnie doświadczenie w zarządzaniu przedsiębiorstwami działającymi głownie w obszarze dystrybucji kosmetyków, chemii gospodarczej oraz artykułów w higienicznych (08.2000 – 03.2003 Kimberly Clark S.A, 06.2002 – 09.2005 Komplex-Torus Sp. z o.o.) Poszukując nowych kompetencji, projektów i wyzwań, dzięki którym mogłaby poszerzać swoją wiedzę z zakresu zarządzania przedsiębiorstwem w wieku 30 lat przyjęła stanowisko Prezesa Zarządu Spółki Dystrybucyjnej należącej do grupy Hoop S.A., w której była odpowiedzialna za restrukturyzację i przygotowanie Spółki do sprzedaży inwestorowi branżowemu. Następnie w roku 2007 jako Dyrektor Zarządzający zajęła się tworzeniem Centrum Dystrybucyjnego dla Gdyńskiej Spółki Interchem S.A. dzięki czemu poszerzyła swoją wiedzę z zakresu logistyki i systemów WMS. Od kilku lat ukierunkowana na procesy restrukturyzacji przedsiębiorstw, optymalizacji kosztów oraz poprawy efektywności w obrębie stanowisk handlowych i operacyjnych w firmach o dużych poziomach skomplikowania. Posiada doświadczenie w zarządzaniu zespołami ludzkimi, od kilkuosobowych grup przedstawicieli poprzez budowanie i reorganizowanie struktur składających się z kilkuset osób. Monika Nowakowska jest jedną z nielicznych kobiet stających na czele firmy kosmetycznej w Polsce, w dodatku Spółki notowanej na GPW. Konsekwentnie buduje swoją karierę zawodową, nie bojąc się podejmowania trudnych decyzji i nowych, często ryzykownych wyzwań. W styczniu 2010 roku objęła stanowisko Prezesa Zarządu spółki giełdowej stojącej przed groźbą likwidacji – Grupa Kolastyna S.A. (obecnie: Miraculum S.A.). Do jej sukcesów należy niewątpliwie podpisanie układu z wierzycielami, pozyskanie inwestora finansowego, odbudowa pozytywnych relacji z dostawcami oraz konsekwentna odbudowa pozycji rynkowej Spółki Miraculum. Wizją strategii Miraculum S.A. opracowaną przez nowe władze jest osiągnięcie pozycji jednego z największych graczy na polskim rynku kosmetycznym, skupiającego dobre, polskie marki i oferującego pełną, komplementarną gamę produktów w asortymencie kosmetyczno-chemicznym. W grudniu 2011 roku Monika Nowakowska zajęła 3 miejsce w organizowanym przez dziennik Puls Biznesu rankingu „100 Kobiet Biznesu”. Jej potencjał, wiedza i profesjonalizm przyczyniły się do wyprowadzenia Miraculum S.A. na drogę rozwoju, dzięki czemu wzrasta jej wartość oraz pozycja zarówno na rynku kosmetycznym, jak i kapitałowym.

Obecnie jest właścicielem firmy RDM Partners, zajmującej się restrukturyzacja przedsiębiorstw